Olá.
Tente a recomendação dada neste tópico: na hora da instalação separe as partições bootáveis dos sistemas.
Para recuperar a partição bootável do Windows, sem precisar apagá-la do disco sugiro o seguinte:
Espete um pendrive bootável com windows, quando estabilizar (quando parar numa tela que requer ação do usuário parar prosseguir para outra) acesse o prompt de comando (teclas shift + F10).
Digite (após cada comando dê um enter):
diskpart
list vol
sel vol *x*
sendo *x* a partição bootável do Windows. É um número, tipo: “1”, “2”, “3”, … Provavelmente é a que tem 100Mb de espaço total.
assign letter=z
exit
cd /d z:
cd EFI
rmdir /s ubuntu
Reinicie o computador e veja se o Windows é iniciado normalmente.
Se for, bom. 
Agora siga o processo agora na hora de instalação do Ubuntu com a partição bootável separada descrita no tópico acima.
Antes de iniciar a instalação, já rodando o pendrive live do Ubuntu, use o gparted e exclua as partições criadas para instalação anterior.