Olá. 
Se você tem certeza de que a questão não será resolvida com a sugestão dada (escolher na firmware da placa-mãe por qual sistema iniciar)… E analisando esse trecho do seu depoimento…
… vou perguntar:
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Você tem certeza que existem duas partições (que funcionam) de boot, uma para cada sistema?
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Será que você não criou uma segunda partição de boot, mas na instalação do sistema ela acabou sendo ignorada?
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Será que não existe apenas uma partição de boot funcional, que está sendo usada pelos dois sistemas?
Essa solução serviria se fosse apenas uma partição de boot compartilhada num mesmo dispositivo de armazenamento… Mas me parece que não é o caso.
Acho que a solução possível (ou “a solução que vai evitar retrabalho”) é a boa e velha: “formata que resolve”.
E dessa vez (estou achando que esse é o problema) certifique-se de deixar apenas um dispositivo de armazenamento (HD) conectado, na hora da instalação do novo Windows.
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E aquela coisa: se resolver formatar faça backup dos seus dados e faça uma instalação limpa, isso é, apague as partições existentes no dispositivo de armazenamento de destino antes de iniciar a instalação. Nesse caso acho que não resolveria aquela formatação leve do Windows - aquela que dá pra escolher manter os arquivos e que depois fica a pasta (acho que o nome é:) “windows.old” em “C:”… Pois acredito que o problema é a falta de partição de boot no dispositivo de armazenamento em que o Windows está instalado… E essa formatação usaria a atual partição de boot.
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