Percebi que ao iniciar a máquina, o tema padrão é restaurado. (Vou reiniciar novamente pra testar, é que pouco estou usando o notebook).
Ao invés de manter o tema que apliquei, volta ao padrão.
Seria alguma extensão causando esse comportamento? Nunca havia experienciado isso.
Como iniciou
Correção: reiniciei duas vezes e continuou normal. Acredito que foi a atualização do user themes que causou isso.
Fechado até segunda ordem
Como você atualiza uma extensão? Ou só é possível desinstalando e instalando novamente?
Aqui está acontecendo a mesma coisa, mas somente o tema do shell que volta ao padrão do Pop, o dos aplicativos fica o que eu havia colocado antes.
Aqui, diferente de seu sistema, voltou para o padrão depois que reiniciei, e olha que eu desinstalei e reinstalei o User themes.
Aconteceu comigo, mas foi por causa da atualização do sistema achei um pouco intrusivo, quando o sistema foi atualizado ele voltou as configurações de tema para o padrão, ignorando minhas alterações conforme falei aqui.
Deves atualizar pelo site gnome extensions. Também deves ter no navegador a extensão do gnome shell. O próprio site ensina a instalar
Eu adotei um padrão diferente, será q foi por isso que não vi este problema? Eu instalei o sistema, e a primeira coisa q eu fiz antes de mexer em qqr coisa foi verificar e aplicar todos os updates possíveis. Depois de feito isso, comecei a fazer as customizações e não tive nenhum problema relacionado.
Pessoal comecei a ter o mesmo problema e pesquisando encontrei esta “solução”, que pra mim funcionou.
Edite o arquivo:
sudo gedit /usr/share/gnome-shell/modes/pop.json
Comente as linhas stylesheetName e themeResourceName. Feito isso, desligue a extensão User Themes no Tweaks e ligue novamente. Para testar, aplique o tema, se não carregar automaticamente, pressione ALT + F2, insira r e pressione ENTER. Com este procedimento o Gnome Shell será reiniciado e você saberá se o tema aplicado permanecerá ou não. No meu caso deu certo.
Fiz o procedimento aqui, assim que ligar o meu computador novamente vou saber se deu certo. Mas obrigado de qualquer forma, eu retorno aqui para dar a resposta.
Desative o pop shell tb nas extensões, agora que vi que não coloquei no texto que precisa desativar.
O Pop Shell não é responsável pela extensão de Tile Windows?
Sim 
Mas eu fiz o procedimento para testar mesmo, só para ter certeza se é um bug do sistema. Eu até cheguei a usar sem o Tile Window por um tempo, mas ele é bem útil, aí acabei deixando o Pop Shell ativado e com o shell padrão do Pop já que por enquanto ele não deixa mudar 
