Está fazendo todas atualizações? Aqui encontrei tanto o calibre quanto o zotero mas a instalação que tenho no Desktop não utilizei a imagem da LTS para instalar, foi feita uma atualização do 19.10.
Ela funciona bem em monitores grandes fullhd pra cima, na tela do meu note 1366x768 percebi os mesmos problemas, no monitor 1920x1080 ficou normal postei um screenshot aqui.
https://plus.diolinux.com.br/t/apresente-o-seu-desktop-e-mostre-o-quanto-o-linux-e-bonito/153/3185
Uma coisinha que eu não gostei no Pop_OS! é que eu tinha trocado os temas do gnome-shell, gtk e ícones e ao atualizar ele voltou tudo para o padrão, não respeitando minhas configurações, se alguém mais puder observar isto depois me diga.