Na minha opinião, sim.
GNOME não está errado, os aplicativos precisam se adaptar a plataforma, não o contrário. Entretanto, como é que você faz para que os aplicativos de terceiros se adaptem ou que as empresas sintam essa necessidade? Tenta forçar essa mudança é uma alternativa, mesmo não sendo garantida.
No fim, vamos acabar sempre caindo no debate entre defender tecnologia ou defender o usuário. O Georges discutiu algo parecido com o @Dio em uma entrevista alguns anos atrás.
Ao meu ver, defender tecnologia é o melhor a caminho a ser seguido, porque quando estamos falando de produtos de nicho, dificilmente serão os usuários que vão fazer a GRANDE diferença. A empreitada da Valve, por exemplo, só foi possível por causa dos anos investidos em tecnologia que permitiram a existência do Wine, Proton, DXVK, Wayland, Vulkan e outras tecnologias.
Quantos usuários a empreitada da Valve conquistará? Quanta visibilidade?
Foram por causa de decisões como essas que o GNOME tomou que podemos ter algo como o Steam Deck hoje. Querendo ou não, vivemos em uma bolha, um nicho e precisamos tirar proveito disso, fazer coisas que grandes bases de usuários impossibilitam para garantir que tenhamos o melhor para quando as oportunidades surgirem.
Atualmente, tomando o Fedora como parâmetro, caso uma aplicação seja dependente da bandeja de ícones, o aplicativo simplesmente não funcionará aos olhos do usuário. Não existe outras consequências além dessa. Na minha opinião, uma troca que vale a pena, mas obviamente, não foi sempre assim, mas graças a tecnologia as coisas mudaram.