Olá!
Não sei se isso é possivel no Ubuntu (é natural que os apps sejam compartilhados). Talvez se você realmente precisar disso e tiver um conhecimento extra, recomendaria o nixOS que eu tenho alguns tópicos aqui (lá já é natural que tenha 2 interfaces pelo “processo de rebuild” que é 100% comandado e moldado pelo próprio usuário sendo assim mais fácil separar da maneira que você quiser.) :
nixOS, básico sobre o projeto.
NixOS, instalação e configurações.
mas n quero que os apps do XFCE apareçam no Gnome e vice versa e também que o XFCE não carregue os processos do Gnome quando eu iniciar ele
Se você quer ter um “efeito placebo” , dá para você editar o menu do xfce para só aparecer os apps xfce, e no gnome para só aparecer os apps para o gnome, mas para não carregar processos inúteis junto com o xfce, é relativamente facil, é só regular nas configurações>sessão e inicialização os processos que você quer que inicialize ou não junto com o sistema/DE. (Só tomando cuidado para não mexer em algo importante)
Mas também quando tem duas interfaces juntas, normalmente não é consumido a mais do computador (ram e cpu).
Sobre gnome e xfce juntos, talvez o @Rodrigo_Chile saiba coisas a mais do que eu.