Copiar arquivos de um HD defeituoso, saltando rapidamente os arquivos corrompidos, tem como?

Eu acho que você deveria gastar um tempo lendo sobre como BTRFS funciona, um snapshot é uma “foto” deduplicada daquele volume no tempo. trate a pasta onde você vai fazer snapshot como a pasta original dos dados em /home. Se você usar snapshots read-only, o BTRFS já se encarrega de proteger o que foi adicionado de manipulações.

De resto, só fica a dúvida de porque você fica criando e tirando simlinks, se for por causa dos backups, não precisaria mais.

Para criar um RAID de btrfs:

sudo mkfs.btrfs -d raid1 -m raid1 /dev/sdx1 /dev/sdx2

Claro, se atente ao fato de que o que estiver em sdx1 e sdx2 será perdido, se tiver algo.

De resto, eu te aconselharia a simular uma falha, para saber o que irá encontrar, caso isso um dia ocorra. Você pode conseguir um pouco de informação sobre como seria a restauração aqui neste post meu de 2021: