Separando. Ou fazendo algum esquema de montagem de caminhos para separar as homes em uma mesma partição. nada disso precisa de BTRFS. Não espere suporte de instaladores para isso.
Honestamente eu separaria os arquivos pessoais em uma partição, não a home toda, e dai, montaria essa partição na home. O que você vai perder é as configurações somente, mas não vejo sentido em compartilhar configurações entre distros, é uma boa receita para terminar a curto prazo com profiles quebrados.
Não é melhor suporte, ele tem é otimização mesmo.
E ele detecta disco de “estado solido” automaticamente e aplica as otimizações.
Pode fazer como quiser ^^.
Respondendo a pergunta do título do tópico, eu usaria o BTRFS já que depois que conheci ele larguei o ext4 de vez. Em toda instalação que faço eu escolho Particionamento Manual e escolho BTRFS para a partição do sistema.