No Linux e macOS o relógio da BIOS deve ficar como o horário dos relógios internacionais no meridiano de Greenwich (UTC), e o sistema operacional se encarrega de fazer os ajustes de fuso horário e horário de verão. Como o Brasil tem o fuso horário 3 h atrasado em relação a esses relógios, a BIOS fica 3 h adiantada.
Mudar manualmente pra hora local é na verdade a coisa errada a se fazer, não porque vai quebrar a máquina, mas porque se fizer isso a hora do seu sistema vai ficar 6 h adiantada em relação ao real.
OBS: se for instalar o Windows em dual-boot, é possível configurá-lo para seguir a conveção do Linux.