Olá,
Isto pode ser causado por tantos motivos que até meio complicado de citar todos mas, vamos categorizar:
- Hardware;
- Software;
- User;
Hardware
Começaremos pelo mais improvável de ser hardware, algumas falhas no disco de armazenamento podem causar perda de alguns dados armazenados no disco, agora porque eu disse que é mais improvável?
Bom, normalmente somem blocos de dados, sumir apenas uma pasta é… não saberia te dizer a probabilidade de acontecer, porque nunca me deparei com isto mas, não diria que é comum, ainda mais porque quando isto acontece as ferramentas de reparo do sistema de arquivos entram em ação como o fsck logo se, você não se deparou com nenhum output do fsck ou sua distro desligando do nada, digo que é improvável.
Software
Segundo, algum software pode ter apagado esta pasta por N motivos. Fica complicado para mim explicar todos N motivos porque não tenha a minima ideia de qual software você tem no seu sistema.
User
O último e mais provável, usuário, é acredite ou não mas apagar pastas “sem querer”/“sem saber” é muito comum ainda mais para quem não está muito acostumado com um sistema.
Possíveis soluções:
- Execute a ferramenta de reparo do seu sistema de arquivos.
- Cria uma nova conta de usuário para teste
- Puxa o cabo da net ou desconecte o seu computar da internet (Reinicie algumas vezes e tente fazer alguns trabalho locais para teste).
- Cria a pasta novamente e coloca uma restrição de UID para apenas o seu usuário utilizando o chmod.
- Configure o SELinux ou AppArmor.
- Configure um firewall fica a sua escolha tem vários.
- Verifique o seu disco de armazenamento se for disco rígido tente escutar se ele está fazendo muito barulho/ruído.
Obs.: Se precisar de mais informações sobre alguma solução pode pedir, mas não irei detalhar demais nesta mensagem se não ficaria muito longa.
Pode ser malware?
Sim, pode um malware pode remover pastas do usuário é bem simples se, você não tiver configurado nenhum tipo de proteção/restrição no seu sistema. Mas, por experiência malware’s que afetam usuários domésticos a maioria, se não todos, são genéricos e são de fácil remoção, se não tiver tempo ou cabeça pode reinstalar o sistemas mas lembre, se ele estiver na sua /home e você não formatar ela, provavelmente, não vai adiantar em nada.
De qualquer forma é preciso de mais informações sobre o seu sistema para poder fornecer ajuda mais especifica.
Espero ter lhe ajudado de alguma forma, até mais!