Bom, tive que contornar alguns problemas quanto ao escaneamento de imagens. Primeiramente o Epson Scan 2 deu pau. Ele simplesmente não salva os arquivos que foram escaneados, e simplesmente fechando na hora que os arquivos seriam salvos depois da Digitalização.
Aí passei a usar o Simple Scan, que é do próprio Gnome. Estava funcionando muito bem. Até eu digitalizar um arquivo e salvar em PDF. Agora, absolutamente tudo o que escaneio no Simple Scan está sendo salvo em PDF, independentemente se eu escolho JPG, PNG ou WebP na hora de salvar.
E por fim, acabei indo para o xSANE. É feio? bastante. Funciona? Até o momento, sim. Mas ele fica travado por alguns segundos até escanear o documento. E por agora, estou testando o SANE por linha de comando.