Eu concordo plenamente com a decisão do Mint. A questão, pra mim, não é de usar ou não o Snap, mas não instalar um Snap ao usar um comando para instalar um .deb. Ou seja, não enganar os usuários.
Na minha opinião isso pode criar um monte de situações bem complicadas, como desinstalar o Snap e manter o .Deb instalado, ter problemas com o programa e não saber que isso pode ser causado pelo Snap, não encontrar os arquivos de instalação nos diretórios padrões, …
Se o usuário quiser, instala o pacote snapd e depois usa o snap install <programa> para instalar, ou usa a loja para instalar, usando os plugins.
Edit:
Vale notar que o Mint não proibirá que o pacote snapd seja instalado, e sim que ele seja instalado automaticamente por um pacote, como uma dependência.