Já editei o user-dirs.dirs com os novos locais, porém não consigo acessá-los diretamente na home. Apenas pelo menu lateral no Nautilus.
Já reiniciei, desliguei, encerrei sessão, apliquei o user-dirs-update --force (volta todas as pastas para o padrão)
Existe uma maneira que isso possa funcionar?
Você terá que dar permissão ao seu usuário na pasta /mnt/dados.
Este caminho só com root por padrão.
Altere a permissão do grupo desta pasta e adicione um grupo que tem permissão de ler, escrever e executar.
Pode ser
chmod 770 /mnt/dados
Eu não lembro se tem a opção r, para aplicar nas subpastas de forma recursiva
chmod -r 770 /mnt/dados
Acredito que estas pastas dentro da sua /home ainda são as pastas antigas.
Se eu estiver certo, você terá que mover todo o conteúdo dentro delas para as respectivas pastas criadas dentro de /mnt/dados.
Depois disso, você precisará remover cada uma delas e criar um link simbólico para o destino correto.
rm -Rf Documentos Downloads [...] Vídeos
ln -s /mnt/dados/Documentos Documentos \
&& ln -s /mnt/dados/Downloads Downloads \
...
&& ln -s /mnt/dados/Vídeos Vídeos
Veja que você terá que mandar remover todas que desejar e depois mandar criar o link simbólico para todas elas também.
Estou usando da forma que falou, com links simbólicos.
O que queria mesmo é redefinir sem o uso desses links.ao funcionou 
Definindo as permissões tbm não!
O grupo que está 7, seu usuário faz parte?
Tem que incluir seu usuário no grupo
Não é assim que funciona, quando você troca, aquela pasta passa a funcionar como a pasta equivalente, por exemplo, se você definir a pasta Downloads para /mnt/dados/Downloads, ao baixar um arquivo no navegador ela será salva em /mnt/dados/Downloads ao invés de /home/seu-usuario/Downloads, a única forma acessar por /home/seu-usuario/Downloads é com links simbólicos
Pois é, notei que a única solução é com links. Enfim, vou continuar com os links simbólicos. Muito obrigado
Já tentou esse comando?
$ xdg-user-dirs-update --set DOWNLOAD /mnt/dados/Downloads
Esses diretórios do usuário, acredito estar sendo redefinidos para $HOME/ cada vez que você reinicializa porque esses locais não estão disponíveis na inicialização da sessão quando xdg-user-dirs-update é executado automaticamente.
Uma possível solução é impedir xdg-user-dirs-update de executar na inicialização adicionando enabled=False ao seu user-dirs.conf.
Não está voltando ao padrão ao reiniciar a maquinha, mas sim quando faz o --force.
No mais as edições estão corretas e funcionando. A questão parece ser resolvida apagando as pastas existentes e criando links simbólicos para as novas que estão em /mnt/data
Se adicionar enabled=False no user-dirs.conf, ao passar --force ele retorna ao padrão novamente???
User-dirs.conf ou user-dirs.dirs?
Isso serve pra que? Coloca no início ou no final?
Vou fazer o teste com isso pra ver
Isso controla o comportamento do xdg-user-dirs-update que é executado no login do usuário.
/etc/xdg/user-dirs.conf → configuração global
~/.config/user-dirs.conf → configuração local
Agora não aparecem mais. De qualquer forma a solução parece ser com os links simbólicos
Uma pena… Acho que realmente a solução com links simbólicos fica sendo por agora a melhor mesmo…
Código de uma linha para ajudar com os symlinks…
* Execute na HOME
$ for x in $(awk -F'=' '{ gsub(/"/,x); if ($1 !~/^#/ && $0 !~/\$/) print $2}' ~/.config/user-dirs.dirs); do rmdir $(awk -F "/" '{print $NF}' <<< "$x") ; ln -s "$x" . ;done
Esse código ira ler a config user-dirs.dirs editada por você, e todos os diretórios, a qual você quer alterar, se existirem na sua home e for vazio ira remover e então criar o link, desde que o ponto de montagem /mnt/dados/ esteja montado…
Para ter certeza do que esta a fazer, altere os comandos rmdir pelo echo e ignore do ;ln até o outro ;.
Espero que ajude…