Uma coisa ser popular não quer dizer que seja boa, só quer dizer que é mais usada ou conhecida.
O ExtFS existe desde 1992 e ate hoje é popular.
Já saiu depois dele ReiserFS, Btrfs, Zfs, uma porrada e com mais recursos mesmo assim ele não morreu.
Olha só o que disse o desenvolvedor do Ext3/4:
Em 2008, o principal desenvolvedor dos sistemas de arquivos ext3 e ext4, Theodore Ts'o, disse que apesar do ext4 ter melhorado seus recursos, ele não é um grande avanço, pois usa tecnologia antiga e é considerado um paliativo. Ts'o disse que o Btrfs é a melhor direção porque "oferece melhorias na escalabilidade, confiabilidade e facilidade de gerenciamento".
Fonte: https://pt.wikipedia.org/wiki/Btrfs
Note que ele disse “facilidade de gerenciamento” isso contra diz de que o Btrfs é complicado.
Um exemplo é o .docx que ainda disputa com o .odf
Outro é o FlashPlayer ele só morreu porque a desenvolvedora e proprietária mato ele via código, se não ele estaria vivo ate hoje.