Eu sempre evitei usar Flatpak porque alguns temas não integravam muito bem com os aplicativos. Atualmente esse problema já foi resolvido ou ainda existe?
Não foi resolvido mas tem como fazer algumas gambiarras pra fazer funcionar, por exemplo, use o Flatseal pra permitir que o aplicativo tenha acesso a pasta:
<Sua Home>/.local/share/themes
Copie o tema pra essa pasta
Se o tema precisa ficar em /usr/share/themes, veja esse tutorial
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