Fala de uma partição adicional, ou da partição onde o sistema será instalado (“raiz”, “/”)? Para não ter dores de cabeça, a raiz tem que ser um formato pensado para Linux, pelo motivo que o @eddiecsilva falou.
Pelo contrário, o exFAT não só tem pouquíssimos recursos – é basicamente um FAT32 de pendrive com suporte a arquivos > 4GB – como também não tem mecanismos básicos de robustez (ele é bastante vulnerável a quedas de energia devido a falta de “journaling”, por exemplo) e dá uma tremenda dor de cabeça para ser gerenciado uma vez estando lá – por exemplo, nem Linux nem Windows conseguem redimensionar partições exFAT caso você queira diminuí-la e criá-la outra.
Assino embaixo e digo mais, até para esse caso de compartilhamento entre Linux e Windows no dual boot o NTFS é mais prático porque pelo menos alguns dos recursos mais “diferentes” do Linux conseguem funcionar lá. É possível compartilhar uma biblioteca Steam num drive NTFS sem muitos problemas, já o exFAT…
Eu posso ou não ter uma partição em exFAT sendo uma pedra no meu sapato aqui no HD.