Acaba que não foi nada disso. O problema estava na forma como o comando CP copia as ISOs para qualquer outro lugar. Não são cópias de fato. Foi necessário rodar o comando sync nas ISOs depois de terminar de copiar para ter uma cópia exata da ISO. Eu verifiquei com sha256sum depois para confirmar e dei boot no pendrive. Funcionou tanto em Legacy como em UEFI. Finalmente uma solução para esse caso!
Então, senhor espertinho, não foi só um caso de “just read the instructions” e sim de “Linux não copia arquivos por completo”.