Eu, particularmente, gosto muito do NeoRageX para Windows, fiz um tutorial ensinando a instalar e configurar no Linux: NeoRage - Como configurar Emulador de NeoGeo no Linux
Com ele você pode jogar os games de NeoGeo, não testei, mas acredito que também sirva para configurar outros emuladores de windows, é só atentar para o pré-requisito.