Então, o usuário avançado vai saber as necessidades particulares conforme a utilização do computador. Isso vem ao caso principalmente no caso de servidores. Se há muitas páginas hospedadas, pode valer a pena usar um disco (ou vários discos associados) para o /srv, onde ficarão hospedadas as páginas dos clientes.
Se há dois discos, um lento e um rápido, pode querer um sistema de arquivos diferente para o /var/log, que pode ser o disco mais lento, mas mais confiável com relação à escrita.
Se for um servidor que vai receber muitos uploads em /tmp, então um sistema de arquivos diferente pode ser uma boa. Assim se entupir o /tmp o sistema continua responsivo (evita de travar a raiz do sistema).
No computador pessoal, a principal pasta a receber arquivos é a /home, portanto é comum que se faça uma montagem em uma segunda partição ou mesmo em outro disco. Não tem muito o que inventar além disso numa instalação pessoal, a menos que vc queira “mexer” e aprender com o seu computador. Se quiser mais informações sobre cada pasta e como é utilizada, uma boa pedida é procurar sobre particulares em subvolumes em sistemas BTRFS, pois a montagem deles guarda semelhanças à montagem de partições físicas. Vale uma lida no meu post sobre o meu sistema na época: Explicando os pontos de montagem do meu Linux