Muito bom, agora ficou bem mais claro 
Os arquivos dentro da pasta cache e temp dentro de /var podem ser apagados sem muito problema, acho que isso libera uns 9GB. Pode usar o Stacer, como o @frc_kde comentou se quiser, ou apagar manualmente.
Quanto aos flatpaks, duas coisas parecem estar influenciando.
- Primeiramente, você parece estar instalando flatpaks systemwide, se você instalar para o seu usuário apenas, vai ocupar espaço na home, e não na raiz do sistema.
Nesse caso, algumas distros já vem configuradas para serem usadas apenas dessa forma, e parece não ser o caso do seu Fedora, tente instalar os flatpaks assim:
flatpak install --user com.spotify.Client
No comando acima, dando exemplo com o Spotify, mas a parte importante é o “–user” ali no meio.
Isso coloca o grosso dos arquivos em /home/&USER/.var/app/… ao invés de /var/lib/…
- A segunda coisa em relação aos flatpaks é talvez limpar arquivos que você não esteja usando, como explicamos nesse outro tópico do fórum:
O comando em questão para limpar os não usados:
flatpak uninstall --unused
Boa sorte! 