Ainda aguardando Este tipo de solução também. Mas enquanto não encontro, consegui facilitar um pouco as coisas aqui. Entre muitas tentativas e bastante pesquisa, o que consegui fazer foi o que se segue abaixo.
Obs.: Não sou nenhum expert, muito pelo contrário, acabei de entrar no mundo linux e por isso sei que provavelmente tem bastante coisa errada ou que pode ser melhorada. Por isso, peço paciência e colaboração da galera mais experiente. 
NEXTCLOUD:
- Criar usuário para fazer uploads das mídias
- Criar pastas equivalentes as que serão criadas para as bibliotecas do Emby (Filmes, Series, Animes…)
VIA TERMINAL:
- Criar a pasta “emby” na Home do usuário e dentro dela criar as pastas que serão usadas pelo Emby para organizar as bibliotecas (mesma estrutura vista antes).
mkdir emby
cd emby
mkdir filmes
...
Aqui, só consegui acessar as pastas do Nextcloud e mover os itens “upados” com acesso root. Então:
- hora de logar como root e acessar a Home dele
sudo su
cd
- Editar o .bashrc ou .zshrc (de acordo com o Shell que estiver utilizando) e definir as Variáveis e Aliases que facilitarão as tarefas de navegar entre as pastas e mover os arquivos “upados” dos diretórios do Nextcloud para os diretórios das bibliotecas do Emby. Segue o exemplo de edição que fiz aqui:
Importante: Tenha muito cuidado com o que você vai fazer aqui! Recomendo fazer as edições no final do arquivo para evitar de “quebrar” algum comando ou função já existente no arquivo.
3.1. Declara as Variáveis como Globais:
###############::VARIÁVEIS::################
export ANC="/var/snap/nextcloud/common/nextcloud/data/emby/files/Animes"
export FNC="/var/snap/nextcloud/common/nextcloud/data/emby/files/Filmes"
export SNC="/var/snap/nextcloud/common/nextcloud/data/emby/files/Series"
export AEMBY="/home/[USUÁRIO_PADRÃO]/emby/animes"
export FEMBY="/home/[USUÁRIO_PADRÃO]/emby/filmes"
export SEMBY="/home/[USUÁRIO_PADRÃO]/emby/series"
3.2. Declara os Aliases para acessar o caminho armazenado em cada Variável declarada anteriormente, já com a opção de exibir detalhadamente o que tem dentro de cada diretório. Caso não queira a listagem automática do conteúdo da pasta ou uma listagem diferente é só remover ou modificar o " && ls -la".
################::ALIASES::#################
alias anc="cd $ANC && ls -la"
alias fnc="cd $FNC && ls -la"
alias snc="cd $SNC && ls -la"
alias aemby="cd $AEMBY && ls -la"
alias femby="cd $FEMBY && ls -la"
alias semby="cd $SEMBY && ls -la"
Ao menos as listagens consigo fazer com o usuário padrão utilizando o sudo, então também fiz a edição do .zshrc na home deste usuário. (Opcional)
Após as modificações, recomendo que reinicie seu servidor.
Agora, suponhamos que você fez o upload do filme “Lucy.mkv” para a pasta “Filmes” no Nextcloud e quer movê-lo para a pasta da biblioteca “Filmes” do Emby que fica na home do usuário padrão.
Ao invés de digitar:
mv /var/snap/nextcloud/common/nextcloud/data/emby/files/Filmes/Lucy.mkv /home/[USUÁRIO_PADRÃO]/emby/filmes
Basta digitar:
mv $FNC/Lucy.mkv $FEMBY
Você ainda poderia acessar antes a pasta “Filmes” do Nextcloud e mover diretamente da origem para o destino com os comandos:
fnc
mv Lucy.mkv $FEMBY
Dica: se você, assim como eu, está começando agora no linux e ainda não sabe que é possível mover o arquivo já renomeando, caso necessário, use o comando:
mv Lucy.mkv '$FEMBY/Filme/Lucy.mkv'
Caso queira conferir se realmente moveu você pode listar o conteúdo da pasta “Filmes” do Nextcloud, caso esteja nela.
ls -la
E depois navegar para a pasta da biblioteca “Filmes” do Emby (O conteúdo já será listado se tiver deixado a opção de listar no alias).
femby
Para poder modificar o conteúdo movido sem precisar estar como root, uso o comando abaixo para conceder acesso total ao que acabei de mover (considerando que serão vários arquivos e ainda que por ser um servidor local, onde somente eu terei acesso a ele aqui em casa não deve haver problema):
chmod -R 777 *
Por fim, um provável problema de cach no Nextcloud:
Como os arquivos estão sendo movidos de forma brusca dos diretórios do Nextcloud, ele continua listando os arquivos mesmo que estes não estejam mais lá ainda que recarregue a página com o “Ctrl+F5”. Aqui eu simplesmente seleciono eles e excluo. Vai exibir um erro, depois recarrego com o “Ctrl+F5” e agora sim eles sumiram de lá.
Se alguém encontrar como resolver isso, favor compartilhe conosco!
Com certeza tem muita coisa errada aqui.
Peço paciência aos mais experientes que vierem a compartilhar suas opiniões e sua colaboração para corrigir e melhorar este procedimento.
Agradeço e forte abraço a todos! 
