Oi, tudo bem?
Talvez faltem alguns detalhes para te ajudar de forma mais precisa, porém:
- Se você tem a GNOME Software instalada (loja de apps), basta ir na loja, pesquisar pelo flatpak (app) que você quiser, e clicar na opção de remover.
Caso você queira fazer isso pelo terminal, também é possível, de forma direta:
flatpak uninstall nome.do.ID_do_App
Você consegue encontrar mais referências sobre comandos para manipular flatpaks nesse post aqui do fórum:
Você também pode usar outros softwares, como o Warehouse para gerenciar flatpaks de todos os tipos, não só no GNOME, mas em qualquer ambiente.
Boa sorte! 