pelo terminal(não sei como desistalar)
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Oi, tudo bem?
Talvez faltem alguns detalhes para te ajudar de forma mais precisa, porém:
- Se você tem a GNOME Software instalada (loja de apps), basta ir na loja, pesquisar pelo flatpak (app) que você quiser, e clicar na opção de remover.
Caso você queira fazer isso pelo terminal, também é possível, de forma direta:
flatpak uninstall nome.do.ID_do_App
Você consegue encontrar mais referências sobre comandos para manipular flatpaks nesse post aqui do fórum:
Você também pode usar outros softwares, como o Warehouse para gerenciar flatpaks de todos os tipos, não só no GNOME, mas em qualquer ambiente.
Boa sorte! 
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Complementando isso que o Dio disse para ver os ids de todos os flatpaks instalados no seu sistema use o comando: flatpak list
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esse eu ja sei
E complementando ainda mais, dá pra buscar o aplicativo que você quer desinstalar colocando um grep. Assim o comando ficaria:
flatpak list | grep NomeDoApp
E o que esse | grep NomeDoApp faz? Ele pega a saída do flatpak list e joga para o grep para filtrar a saída com tudo o que tenha o termo que você está buscando. Tipo:
flatpak list | grep edge
Assim você pode obter o ID do aplicativo que você deseja desinstalar.
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Mais um complemento. 
Se usar flatpak list --app, ele vai mostrar apenas a lista dos aplicativos.
Particularmente eu prefiro desta forma. 