Funcionam sim, desde que saiba os pré-requisitos ( NeoRage - Como configurar Emulador de NeoGeo no Linux, como exemplo).
Como o Dio disse no vídeo que coloquei acima: as vezes você tem que saber mais de Windows usando o Linux do que no próprio windows.
Se apenas tentar instalar sem olhar se necessita de algum complemento, não funciona mesmo.