Achei uma solução, como utilizo o wine apenas para testes resolvi criar um prefixo em uma outra pasta na partição do sistema. Para criar um prefixo usei o comando.
WINEPREFIX=“/diretorioteste/” winecfg
o diretorio teste ali é o diretorio onde você quer colocar os arquivos do wine, feito isso ele já baixou o wine no diretório, depois para abrir o instalador .exe foi só rodar:
WINEPREFIX=“/usr/teste/” wine /home/afilipe/Downloads/instalador.exe
e ai ele já abriu, o único detalhe é que se for testar algo, tenho que deixar os arquivos em uma partição etx4, mas dependendo da até para criar uma partição só para isso.
imagem abaixo do instalador aberto, era um webapp que tinha empacotado a um tempo atrás.
Vídeo mostrando o processo:
