Windows mexe na BIOS sozinho

Tenho um Lenovo Ideapad 3 que veio com linux em um ssd. Então depois comprei um ssd a parte pra colocar um dual boot com windows 11.

Tem 2 SSDs instalados nesses notebook?
Um com uma distração linux e outro com Windows 11 devidamente regularizado/ativado, isso é, uma licença oficial foi comprada?
Não achei esse modelo específico do Ideaapad 3 que auporta 2 dispositivos de armazenamento. Os que vi suportam apenas um SSD no formato M.2.

Porém percebi que depois de passar mais de meia hora no windows (não é o tempo exato) ele mexe na BIOS sozinho e desconfigura meu linux (não consigo mais bootar no linux, como se nem existisse mais). Ele acaba ativando umas coisas de secure boot e outras coisas da bios pra windows.

Acho que o que você quis dizer é que o Windows mexeu na partição de boot, pois não?
Se for isso mesmo - isso que eu sugeri - experimente separar as partições de boot: use uma pra cada sistema.
Tutorial

E pra “reganhar” o acesso eu tenho que fazer uma formatação parcial do meu linux.

O que seria “uma formatação parcial”?
(Só perguntando por curiosidade).

Penso o problema ser na placa mãe desse meu notebook pois já fiz dual boot windows e linux no meu desktop com placa mãe uefi e nunca aconteceu isso.

Há quanto tempo você fez esse dual boot em um desktop? E com qual distro Linux?
(Isso não vai ajudar a resolver o problema, é só curiosidade).

Alguém sabe como consigo impedir o windows de mexer na minha BIOS?

Não acho que isso realmente esteja acontecendo…
É improvável que isso aconteça. Se, é claro, estivermos falando de um Windows legalmente regularizado/ativado.