Existe alguns software que não aparecem na aba inicializar do Windows ou até mesmo dentro deles não tem a opção de iniciar o programa junto com Windows toda vez que ligar o computador.
Mais isso e simples de resolver e só ir no Disco Local (C:)
pesquisar por inicializar, você vai encontra uma pasta com o seguinte caminho
C:\ProgramData\Microsoft\Windows\Menu Iniciar\ Programas
Uma vez identificado essa pasta e esse caminho e só copiar o ícone do atalho do programa que está na área de trabalho para essa pasta.
feito isso agora e só habilitar na aba inicializar no gerenciador de tarefas que o programa vai iniciar junto com o Windows.