Use uid=XXXX e gid=YYYY (os mesmos que você usaria no fstab) como a opção -o do comando mount:
mount -o uid=1000,gid=1000 /dev/sdXY /mnt/pendrive
Não foi por causa do GVFS. O GVFS puxou o Polkit, que o permite ao systemd (primeiro processo do sistema, e que gerencia o estado da máquina) aceitar comandos vindos de usuários comuns.
Dá para engordar essa mensagem ainda mais falando de D-Bus e das várias outras camadas na cebola chamada “Linux de desktop amigável”, e usar uma distribuição mais “linha de comando” como o Arch te dá muitas oportunidades para aprender sobre ela.