Tive um problema recentemente com o cache de algumas thumbnails de vídeos no Nautilus e resolvi criar um tutorial simples para reinstalar codecs e resolver a questão.
Caso você tenha o mesmo problema das miniaturas dos arquivos não aparecerem no gestor de arquivos (Nautilus) do sistema, isso pode ajudar:
Esse tutorial usa recursos e pacotes do repositório Ubuntu, porém, a lógica pode se aplicar para outras distros também.
Arquivos de vídeo em geral, mas a maioria dos que eu uso são .mp4 e .mov. Acredito, no entanto, que esse tutorial possa resolver o problema para qualquer formato.