Eis que você está executando apt-get upgrade, está tudo bem, baixando a 4 mbps, ai chega em 90% a velocidade cai para 20kbps…
Sua primeira suspeita é sua conexão, você roda o speed test, a velocidade está normal.
Então, você senta e morde as costas. 
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Seu problema é com o DNS.
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As vezes acontecia aqui quando estava instalando os SO que eu estava testando. Começava a baixar rápido e depois caía muito (baixando iso). Daí via a conexão e de resto estava normal. Abria youtube e tranquilão…
Dae outro dia ia baixar um jogo no steam e mesma coisa, começava poderoso e daí caía…
Fiquei desconfiado que o provedor faz traffic shapping, ou seja, monitora a conexão e quando começa a baixar muito de algum site, ele diminui a velocidade daquele recurso…
Outra coisa é que as vezes tem pacote de dois ou mais repositórios, daí de algum servidor está bem rapido e mostra a velocidade total de download. Mas quando já terminou de baixar os pacotes desse servidor rápido, ainda fica baixando os pacotes do servidor lento.
Também pode ser DNS como falado anteriormente. Eu percebi que aqui em casa o servidor da UFPR resolve em IPV6 mas não conecta. Só que dá timeout de uns 30 segundos pra isso. Então cada pacote demora 30 segundos pra conectar, daí baixa bem rapido. Resolvi com uma entrada no arquivo /etc/hosts para o servidor resolvendo já em IPV4. Mas esse tipo de problema afligia todo o processo, não apenas o final.
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