Eu utilizo KDE Neon e não me deparei com esse problema, Snap e Flatpak criam o atalho normalmente
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Uso o KDE Neon e aqui funciona tudo normalmente, appimage, snap, flat, todos aparecem ícone assim que instalados, engraçado, pode ser por conta da versão do KDE do kubuntu ser uma versão mais antiga.
Ate pq kde neon e kubuntu tem a mesma base, ubuntu 18.04, claro que podem haver pequenas modificações de um para outro
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No Debian 10 KDE os atalhos aparecem normalmente
Enteressante 
…Acredito que no Debian a versão do KDE não seja a última tb! Qual a versão do KDE?
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