Você instalou seu app preferido em flatpak, deixou-o redondinho e, depois de tanto trabalho, descobre que perderá tudo na próxima atualização entre versões. Mas há um jeito de salvar as configurações para usá-las futuramente.
Todas as configurações dos flatpaks ficam em $HOME/.var/app. Ou seja, no arquivo oculto .var em seu diretório pessoal. Basta copiá-lo, guardá-lo e depois restaurá-lo para o mesmo local.
Eu faço assim, no terminal:
$ tar -cf flatpak_confs-DDMMAAAA .var/
Aí subo pra nuvem, pro meu diretório de becape. Quando preciso, está sempre à disposição.