Ola no windows e mac o chrome se mistura com o tema do sistema, e fica completamente dark, Mais no Linux não tem isso, mas tem o tema just black na loja chrome, porem esse tema não coloca detalhes em dark
Sendo sincero, é preferível utilizar navegadores que se integram melhor no Linux como o Firefox mesmo. Porque o Google Chrome, mesmo pegando o GTK+ não fica como no Windows/MacOS.
O painel de configuração acho que não tem jeito de deixar escuro, mas os menus e o resto tudo fica de acordo com o tema. Acho que depende também do tema GTK. Eu testei aqui usando o Adwaita dark. Qual é o tema que você está usando aí?