Parceiro com essas informações que você passou aqui, o pessoal bate o olho no seu post e nem responde.
Eu mesmo foi um dos que bateu o olho e ia deixar “aos ventos” justamente por conta disso aqui : Como fornecer boas informações
Mas vamos la:
Quais diretórios e arquivos você se deu conta que esta “faltando”? Lembrando que “coisas” que tem em uma distro não tem em outra
Ao tentar formatar o pendrive, qual foi o erro?