Pode usar o grep -Fv 'Version:0.9 StartHTML:0000000105', nem precisa estritamente de regex.
Ou, se houver linhas com esse padrão no meio, grep -Fv '^Version:0\.9 StartHTML:0000000105' (note o ^, que assegura um início de linha, e \. para impedir o significado especial do ponto).
Ou você que realmente apenas remover os contendo StartHTML:0000000105?
grep -v 'StartHTML:0000000105'
Mas se você quer realmente remover as linhas que contem exatamente “Version:0.9 StartHTML:0000000105”, é como o @Capezotte apontou. Você está fazendo assim?:
se você puder mandar um print do local onde você aplica a regex, pois é preciso saber como ele usa a regex.
Por exemplo, essa regex que eu te mandei é para dar match se o texto não iniciar com Version:0.9 StartHTML:0000000105 seguido de qualquer caractere repetido 0 ou mais vezes.
Mas dependendo de como esse tal Anki faz uso do regex, essa regra não vai devolver o que você busca.
Só tem que ver se é isso que você quer, isso vai substituir padrões em um texto por algo, e não filtrar textos. Você precisa ser mais claro sobre o que você realmente quer fazer. Substituir coisas nos textos? somente mostrar textos que não tem o padrão (Busca)? Será que você não quer: