Eu uso a versão Flatpak da Steam há muito tempo e nunca tive problemas. Além de estar sempre atualizada, a versão Flatpak evita a bagunça com bibliotecas de 32 bits que a versão .deb faz.
O “problema” a que você se refere me parece ter sido causado por não ter configurado permissões. Aplicativos Flatpak rodam em sandboxing e precisam que você permita o acesso a outros arquivos. O tópico abaixo pode ajudar na configuração, além de explicar como o Flatpak funciona: