Olá @Erik_MD, tudo bem contigo?
Manualmente? A resposta mais objetiva é “NUNCA”.
A maioria das distribuições Linux usam Python em várias partes críticas do sistema e mexer nisso pode ser catastrófico, como você bem percebeu. Se você usa Python para programar, sugiro que use ferramentas como o ASDF para ter múltiplas versões de uma mesma linguagem sem afetar a base do seu sistema.
