Eu sei que tem algumas que usam Android como da Cielo, por exemplo. Mas e as outras? Qual que usa?
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aparentemente tem vários, alguns citados neste pdf por exemplo, javacard, MULTOS e até um Windows pra máquina de cartão
[1], [2], [3]
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O que você citou são sistemas embarcados nos cartões em si, não nas máquinas que leem. A grande maioria dos leitores usa sistemas com kernel Linux.
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Eu acho que nessas de hoje em dia é algum Android ou outro baseado no kernel linux (somente suposição, se eu estiver errado me corrijam!), mas eu lembro que nas antigas era geralmente usado Windows CE.