Qual a diferença entre NTFS, FAT32 ou exFAT? - Diolinux
Quando for configurar uma unidade de armazenamento interna ou externa e que precise ser usada em diferentes sistemas, você deve escolher o melhor sistema de arquivos para cada caso. Entenda as diferenças dos sistemas NTFS, FAT32 ou exFAT, os mais usados para interoperabilidade.
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Geralmente configuro as mídias externas dessa forma para melhor gerenciamento entre Windows e Linux: Pendrives em Fat32 e HD’s Externos em NTFS.