Programas que não aparecem no menu "Aplicativos" do Pop!_OS

Recentemente, migrei para o Linux (distro Pop!_OS), vindo do Windows e estou apanhando com algumas coisas que julgo importantes.

Dois programas que eu uso, Anaconda (versão 3.1, não uso com muita frequência) e Wolfram Mathematica (versão 10.3, uso bastante), foram instalados no Pop, mas ambos não aparecem no menu “Aplicativos” – todos os outros programas instalados estão lá.

Para ambos, até consigo fazer aquele truque de criar o arquivo .desktop – na verdade, já fiz para o Anaconda --, mas ele permanece na área de trabalho e não consigo colocá-lo no menu “Aplicativos”. Não faço ideia de onde está o diretório dos outros aplicativos – já procurei e não encontrei nada.

Instalei um programa chamado “Main menu” (ou Menu principal), e nele é possível ver o Mathematica como um programa possível de ser rodado, mas não sei como consigo usar o menu desta forma em vez do padrão do Pop.

Também já li que a “culpa” para isso é dos programas em si, e não do Pop!_OS – então não sei se este seria o lugar apropriado para o tópico --. Alguém sabe o caminho para que estes, ou qualquer outro programa, apareça no menu “Aplicativos”? Ou então: como eu usaria um “menu principal” mais tradicional, e não este do Pop, para que os programas apareçam lá?

Desde já agradeço qualquer ajuda e pela paciência de vocês. Qualquer outra informação relevante a quem estiver disposto a ajudar, estou à disposição.