Tem Flatpak instalado? Eu tinha isso no Discover (do KDE) quando o mesmo programa era disponível como pacote nativo e Flatpak. Ao clicar no “Instalar” de novo, vinha o Flatpak.
Eu pessoalmente aconselho usar o terminal. As interfaces gráficas surgem geralmente no Fedora ou Ubuntu e são portadas para o Arch (sem a mesma prioridade de desenvolvimento, já que GUIs não são um foco da distro) e no fim das contas chamam direta ou indiretamente o comando de terminal. Como você percebeu, há inconsistências e limitações que só há na interface gráfica.
Não*. Mas além de você poder configurar para eles pularem a tela de seleção (resolvendo o problema), há muitas coisas que eles facilitam: edição de parâmetros de inicialização, testar kernels customizados, etc.
* PCs de 2012 para cá tem o UEFI, que age como um multiboot embutido na placa mãe. Configurando ele certinho (que, antecipo, é mais difícil que instalar o Grub), dá para substituir essa etapa (e você vai perder as facilidades que eu citei acima).
Não sei de Gnome o suficiente pra responder o 3.