Atualizar o grub de uma versão não deve interferir o grub de outra versão. Só o fato de você conseguir iniciar o sistema correto (no hd) indica que está tudo certo a nível de grub.
Porém a unidade que falha é indicação que havia alguma partição usada na sua instalação que foi removida ou reformatada.
Estranho, eu formatei meu HD mas havia desconectado o SSD que tá dando problema antes de iniciar o processo (o SO do SSD ainda estava funcionando bem). Formatei e instalei o linux no HD via pendrive. Porém ao inserir depois o SSD notei que ele obviamente não apareceia no grub. Dei full-upgrade e update-grub no SO do HD para que a opção de escolher o SSD voltasse a ficar disponível. Foi depois disso que começou a dar esse problema. (Não sei precisar se foi logo depois)
Se foi a swap, então o sistema deveria conseguir iniciar mesmo após a mensagem de erro, com vc apertando o Ctrl+D quando indicado.
Se eu dou ctrl+D ele trava. Aliás, aproveitando a oportunidade, como eu saio do emergency mode e reinicio? Se eu dou poweroff, ou “shutdown -h now” ou reboot ele não desliga nem reinicia.
Se foi outra partição que era montada automaticamente, mas não era indispensável ao sistema, você, ao conseguir iniciar a distribuição, deve reconfigurar o comportamento para não montar na inicialização. Se a instrução está no /etc/fstab vc deve comentar a linha que indica o UUID com problema (começa com CEF9).
No meu HD o “cat /etc/fstab” retorna:
\# /etc/fstab: static file system information.
\#
\# Use 'blkid' to print the universally unique identifier for a
\# device; this may be used with UUID= as a more robust way to name devices
\# that works even if disks are added and removed. See fstab(5).
\#
\# <file system> <mount point> <type> <options> <dump> <pass>
\# / was on /dev/sda4 during installation
UUID=a1eb7fb6-2ad9-4172-929f-ce1e23ac81ab / ext4 errors=remount-ro 0 1
\# /boot/efi was on /dev/sda2 during installation
UUID=F902-A2C1 /boot/efi vfat umask=0077 0 1
\# swap was on /dev/sda1 during installation
UUID=22c7384b-06eb-4075-aa45-18ef906db486 none swap sw 0 0
E no SSD retorna:
\# /etc/fstab: static file system information.
\#
\# Use 'blkid' to print the universally unique identifier for a
\# device; this may be used with UUID= as a more robust way to name devices
\# that works even if disks are added and removed. See fstab(5).
\#
\# <file system> <mount point> <type> <options> <dump> <pass>
\# / was on /dev/sdb5 during installation
UUID=dc313df5-1882-4737-877b-662981592368 / ext4 errors=remount-ro 0 1
\# /boot/efi was on /dev/sda1 during installation
UUID=CEF9-E89C /boot/efi vfat umask=0077 0 1
\# swap was on /dev/sdb2 during installation
UUID=1844f95f-2d04-497d-affe-26c4cfcbd31b none swap sw 0 0
Vou comentar então a linha que vc falou e ver o que acontece.
Se a montagem ocorria pelo SystemD, não sei como desabilitar. (Talvez seja desativar o serviço responsável?)
Por falar em SystemD, no SO do HD eu adicionei 2 linhas no meu /etc/systemd/resolved.conf, uma com DNS= e outra com FallbackDNS=. Depois dei um “sudo systemctl restart systemd-resolved” não sei se isso pode ter influenciado no problema do SSD. Além disso dei em ambos, tanto no SSD quanto no HD um sudo apt remove ungoogled-chromium que eu tinha tentado instalar sem sucesso porque precisava de um monte de biblioteca (acredito que não tenha nada a ver pois só esse arquivo foi removido e além do mais o HD tb estaria com o mesmo problema.)
Desculpe por me ater a tantos detalhes mas por ser iniciante eu nunca sei com certeza se uma coisinha pode influenciar em outra. Vou comentar o CEF9 e ver o que dá.