Estou tendo 2 problemas com icones.
O primeiro é que os webapps não abrem no icone deles por exemplo o youtube fica linkado no chrome.
O segundo problema é que não consigo alterar icones especificos que estão fora do tema no print da pra ver o exemplo da loja Bazaar e do Stremio.
Estou usando o bazzite na versão gnome, já pesquisei e encontrei sobre alterar o .desktop na sessão StartupWMClass mas acho que não fiz certo pois não funcionou, alguem sabe a solução e poderia me ajudar?
Já peguei algo semelhante numa distribuíção que estava fazendo um teste.
Na época resolvi instalando o Flatseal via flatpak e configurando o caminho “.local/share/icons/” e “.local/share/themes/” nas permissões dos aplicativos.
O flatpak instala as aplicações no “.local/share/applications/”, se realizou a configuração dos ícones e temas nos caminhos acima e não deu a permissão para as aplicações flatpak’s lerem, não receberão a customização dos ícones ou temas.
No meu caso, resolveu tanto as customizações quanto a não abertura dos webapps como uma aplicação a parte no sistema.
Espero que também te ajude! 
Fui procurar o Flatseal e ele já vem nativo no bazzite, testei sua recomendação mas infelizmente não funcionou com o stremio, o bazaar a loja de aplicativo, e os webapp não aparecem no flatseal, obrigado por responder.
Depois de muito pesquisar achei a solução, a quem possa interessar segue os passos:
Precisa ir em:
/.local/share/applications
Identificar o .desktop do seu web app e abrir ele com o editor de texto, com ele aberto você vai procuração a sessão StartupWMClass vai estar algo assim:
StartupWMClass=crx_UmMonteDeLetrasAleatórias
Precisa tirar o crx_ e acrescentar chrome- e no final sem espaço colocar -Default com o D maiúsculo, ficando assim:
StartupWMClass=chrome-UmMonteDeLetrasAleatórias-Default
ai é só salvar esse arquivo de texto, por aqui funcionou, espero que ajude quem precisar.
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