Baixei o Slackbook BR em pdf no http://slackbookptbr.sourceforge.net/ e converti para .mobi e Epub no calibre com codificação UTF-8 mas mas ambos fica com os acentos “escapados”
No próprio PDF os acentos já são “escapados” e juntados com truques de espaçamento (basta selecionar os mesmos textos no PDF, dar Ctrl+C e Ctrl+V num editor de texto simples ou no terminal - vai dar vers~ao e distribuiç~ao do mesmo jeito).
Talvez seja mais simples converter a versão HTML, em que os tils e acentos não estão “escapados” (ou rodar algum filtro com, por exemplo, sed, apesar de eu não ter ideia de como fazer isso no Calibre).
Livro relíquia esse, do tempo em que não estava claro se o Xorg ou o XF86 iam ganhar a batalha dos servidores gráficos.
vi nesse post https://www.vidasempapel.com.br/converter-arquivos-pdf-kindle-kobo-calibre/
que o kindle não aceita arquivos que não estejam usando o “encoding Unicode” desconfio que o pdf em questão não está usando o enconding, pois no libre office Draw é deu a mesma coisa, só não sei como converter…
O Calibre converte direitinho de HTML para Mobi, fica perfeito. O Calibre é o canivete suiço dos ebooks. 
O Kindle roda PDF, só fica meio pequeno, pq não ajusta as fontes a tela. Dependendo do livro, dá para quebrar um galho.
Outra opção seria converter o PDF para documento do Word/Libre. Aí o a conversão fica mais fácil de documento para mobi com o Calibre.
Na verdade, como sugeriram, html para mobi é mais simples:
Se quiser já baixar, converti aqui: Convertio — Conversor de Ficheiros
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