Não entendi o que vc quis fazer aí… Porque o chroot? Inclusive a entrada do KDE neon deve estar lá ainda, só precisa alterar a ordem de boot padrão com a opção --bootorder
Segundo ponto é que recriar a entrada ou copiar novamente os arquivos do grub não vai resolver o problema do windows ficar reescrevendo a inicialização padrão do computador. Veja esse tópico: