Olá. 
Pelo que estou percebendo aqui, você não modificou as partições de boot em nenhum dos dois SSDs que estão atualmente no seu notebook - tanto no de 1TB com Pop!_OS, como no de tamanho não divulgado com Windows.
Entendo que ambos os sistemas estão funcionando normalmente quando não há o SSD com o outro sistema instalado no notebook.
[edit] (as perceções acima se mostraram completamente erradas) [/edit]
Analisando daqui, vejo que a sua questão é conseguir iniciar o Pop!_OS, estando os dois SSDs instalados (conectados) na placa-mãe desse notebook Acer.
Entendo que a entrada de boot referente ao Pop!_OS não aparece no menu de boot nessa condição (os dois SSDs instalados (conectados) na placa-mãe).
Acredito que o que você precisa fazer é configurar (adicionar/indicar) na firmware da placa-mãe desse seu Acer Nitro 5, a entrada referente ao Pop!_OS.
Tente ir na aba da firmware da placa-mãe (ou “BIOS”, se preferir), com o nome “Security”.
Veja se tem uma opção parecida com:
. “Set Supervisor Password:” (não me refiro a opção: “Password on Boot”); e
. “Select on UEFI file as trusted for executing:”
Essa segunda provavelmente não estará disponível - você não conseguirá selecionar, apenas conseguirá ver.
Se tiver essas opções - “Set Supervisor Password:” e “Select on UEFI file as trusted for executing:” - dê enter na primeira e crie uma senha. Não precisa ser uma senha da complexidade que você usaria com uma conta de e-mail, por exemplo.
Essa senha servirá para acessar a firmware da placa-mãe (pode ou não incluir o menu de boot - não lembro).
Salve as alterações e reinicie.
Entre novamente na “firmware da placa mãe”, dessa vez digitando a senha recém-criada.
Veja se a opção “Select on UEFI file as trusted for executing:” está disponível.
Dê enter.
Você disse que tem dispositivos de armazenamento. Então deverá aparecer algo como:
. HDD0
. HDD1
Selecione o disco em que o Pop!_OS está instalado e procure pelo nome do arquivo que dará o boot…
Seguirá um caminho… Não lembro ao certo… É parecido com:
- EFI
- Pop!_OS-id
- vmlinuz.efi
ou
- EFI
- systemd
- system…efi
ou
- EFI
- BOOT
- BOOTx64.EFI
Após encontrar o arquivo adequado, selecione-o e dê enter.
Você deverá criar um nome para essa Entrada. Salve as alterações e reinicie o notebook Acer.
Veja se agora aparece a Entrada que você criou na aba “Boot” da firmware da placa-mãe. Selecione-a e a faça subir, com auxílio das teclas F5 ou F6.
Reinicie novamente o notebook Acer.
Aparece a entrada correspondente ao Pop!_OS agora? Funciona? O sistema inicia?
Se não, você pode tentar achar outro arquivo com nome parecido com BOOTx64.EFI por outro caminho, para fazer uma nova Entrada.
Boa sorte.