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Pra ajudar melhor, é interessante que vocẽ especifique como está a partição do seu computador.
Pode usar o gparted na interface gráfica apt install gparted ou o comando no terminal df. Aí dá pra saber se é específico desse diretório ou do computador como um todo.
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Vi que, durante a instalação do SO, foi usado uma partição específica para /var. O tamanho aceitável, quase 6 GB.
Acontece que, como você pode ver pela análise de uso da partição, o flatpak ocupa bastante espaço em disco. Ele cria todo um ecossistema para cada programa que você instala, geralmente instalando novas versões das mesmas depências, como se fosse um mini-sistema operacional. Provavelmente você já tem vários programas instalados pelo flatpak.
A solução mais fácil é você ver todos os programas instalados via flatpak e desinstalar alguns que não use mais (ou trocar eles pelos pacotes fornecidos pela sua distribuição em fez do flatpak)
A segunda solução seria fazer uma limpeza profunda no diretório do flatpak. Desinstalar todos os programas, desinstalar o pacote flatpak, apagar a pasta /var/lib/flatpak, instalar os programas novamente.
Uma terceira opção mais complicada seria juntar a partição raiz com a partição /var, para ter todo espaço para sistema e flatpaks. Precisa fazer backup de tudo caso você a escolha, pois vai mexer com as partições do disco. Conceitualmente explicando precisaria 1) iniciar pelo live-cd 2) montar a partição /var em outro diretório (ex /root/temp) 3) Copiar toda a partição do diretório temporário para o /var (cp -pr /root/temp /var) 4) atualizar o fstab e remover a entrada referente ao /var que você nao vai mais usar 5) Reiniciar o computador e ver se está tudo funcionando corretamente 6) iniciar pelo live-cd 7) remover a partição do var antigo 8) aumentar a partição do raiz para o espaço livre 9) expandir o sistema de arquivos para ocupar toda a partição aumentada.
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Essa segunda solução, teria como você me passar o passo a passo?
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Essa solução só vai surtir efeito se você instalou e desinstalou vários programas, ou já fez vários updates no programas em flatpak. Eu não garanto que vá diminuir muito o espaço em disco se você reinstalar todos os programas. Eu não tenho flatpak instalado atualmente e não conferi esses passos antes. Não posso prever quais pacotes você tem e como que será o exato comando que você precisará digitar. Não siga com um tutorial Ctrl+C Ctrl+V. Se você aceitar o risco e quiser fazer:
-
flatpak-list
Anote os programas que você tem instalado -
flatpak-remote-list
Anote os repositórios que você já adicionou -
flatpak-uninstall
Desinstale todos os pacotes flatpak -
apt remove flatpak
Verifique a lista de pacotes a serem desinstalados. Não faça caso seja uma lista muito grande. Anote os pacotes que serão desinstalados. -
rm -Rf /var/lib/flatpak
Atenção máxima nesse comando! Foco para escrever e JAMAIS copie e cole esse comando. Confira o comando várias vezes antes de apertar ENTER e tire o gato da sala para ele não pisar na tecla!
Agora o flatpak foi desinstalado do seu computador. Faça o processo de instalação
-
apt install flatpak
Verifique a lista de pacotes a serem instalados se bate com a lista que desinstalou. Na dúvida use apt install com todos os pacotes anotados anteriormente -
flatpak remote-addos repositórios que você tinha antes -
flatpak installos programas que você tinha antes.
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estranho usar pouco espaço para /var logo em uma distro que traz flatpak’s out of the box…
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Olha o que apareceu:
Pior que tenho um gato que fazer esse tipo de coisa mesmo kkkkk
Se eu formatar e instalar o Mint novamente não seria melhor? vai dar um trabalho retado, mas melhor que essa terceira opção que tu deu la em cima que eu não entendi muito 
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não fazia a menor ideia disso, to descobrindo agora!
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Então, eu peguei os comandos do flatpak aqui man flatpak (1): Build, install and run applications and runtimes mas vi que entrando em cada página o comando é diferente… seria flatpak list e não flatpak-list… Do mesmo modo os outros comandos também devem ter que trocar o ‘-’ por ’ ’ (traço por espaço) depois de flatpak.
Realmente, se você planeja usar bastante os programas em flatpak a melhor opção é reparticionar o disco. Veja que você tem bastante espaço no /home e está faltando no /var. O / está em 54%, mas se você passar o conteúdo do /var pra ele, já vai pular pra quase 80%. Para resolver de vez o ideal é instalar com uma partição / com uns 40 GB pra não ter mais dor de cabeça.
O jeito mais simples é fazer backup dos seus arquivos pessoais e fazer uma instalação limpa no disco inteiro. Recomendo apenas 4 partições (EFI, swap, raiz, home). Lembrando que no linux tem jeito de você fazer backup do sistema, reparticionar, e então restaurar a imagem, porém vai ser tão complicado quanto a opção 3 que eu dei. Eu estou falando apenas pra saber que é possível! Caso você planeje testar outros sistemas operacionais crie uma outra partição de uns 20-30 GB no final do disco.
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Vou fazer isso quando tiver mais tempo, particionar melhor e resinstalar a distro, to até pensando em testar outra.
tentei os comandos sem o “-” da uma olhada na lista, não parece ter coisas muito pesadas, só o telegram e a nvidia, acredito eu:
Você considera essa lista grande? pode fazer essa etapa de boa?
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Agora estamos entrando em detalhes, e eu não sei 
… Vamos aguardar alguém do fórum que saiba mais de flatpak para ajudar. 
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Normal, geralmente essas distros (são poucas até) esperam que o flatpak faça instalações locais
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É possível mudar os pontos de instalação do Flatpak, para isso, siga um (só um é realmente necessário, qual, fica a sua escolha):
Sua home:
flatpak --user install <repositório> <pacote>
Qualquer pasta:
Execute esses comandos um por vez:
sudo su
mkdir -p "/etc/flatpak/installations.d/"
cd "/etc/flatpak/installations.d/"
Copie o comando a seguir inteiro, modifique “/caminho/para/a/pasta/que/deseja/usar/” pelo caminho da pasta que deseja usar, cole (CTRL+Shift+V) e execute:
cat > extra.conf <<\EOF
[Installation "extra"]
Path=/caminho/para/a/pasta/que/deseja/usar/
DisplayName=Nova instalação
StorageType=harddisk
EOF
Agora quando for instalar um programa em Flatpak use:
flatpak --installation=extra install <repositório> <pacote>
Independente de qual escolha você não vai precisar reparticionar, mas ainda vai precisar do terminal pra instalar flatpaks
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Geralmente /var/log é entupido de logs, limpa eles com:
sudo rm -rfv "/var/logs"
E vê se resolve, caso resolva, execute esse comando periodicamente
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olhei no help e so tinha isso:
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Está correto, falha minhá, o certo seria -p corrigi lá
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pronto, pasta nova:
agora eu desinstalo e instalo novamente pra eles irem pro novo caminho?
e uma duvida, como eu sei que um programa é Flatpak se todos vem no formato .deb?
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É o recomendável
Simples,flatpaks você instala usando:
flatpak --installation=extra install <repositório> <pacote>
Os outros são via apt install ou interface gráfica (no seu caso)
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