Ola, já tentei por o de xbox e um genérico de ps2, mas não aparecem no menu, antes não sei pq depois que eu instalava o steam, o controle aparecia no emulador, porem agora não aparece mais.
Vc tem que conectar o controle, abrir o app, depois ir nas configurações de input, e escolher outro driver de input, creio que há 2, e vem um como padrão, tente usar o outro e depois configurá-lo na tela de mapeamento.
Então, eu instalei aqui o PCSX2 versão Flatpak > Install PCSX2 on Linux | Flathub
Bem, como disse, ele me aparece 2 opções de plugin de PAD (controle) >
Eu tenho um controle de PS3. Na 1ª opção, eu clico no botão que desejo definir, mas quando aperto no controle o botão correspondente, ele não insere, mas, tive êxito conseguindo mapeá-lo com a 2ª opção de plugin > OnePAD 20190823153146 1.3.0 [libonepad-legacy]
Nesse caso, eu te recomendo usar a versão Flatpak que testei e que funcionou pra mim.
*Bônus: link para baixar as Bios de PS2 > http://br.dllyes.com/playstation-2-ps2-bios/
Você tende colocá-las nas sua home! /home/seuusuário/.var/app/net.pcsx2.PCSX2/config/PCSX2/bios
Espero ter ajudado!
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Digite no terminal > flatpak install flathub net.pcsx2.PCSX2 -y e dê “Enter”, e aguarde instalar.
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vlw, funcionando muito bem 
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Opa pessoal, tive esse problema e conseguir resolver com a solução de vocês, o problema agora é que o controle não funciona na hora do jogo, eu consigo mapear, mas na hora de jogar de não funciona.
Opa pessoal, consegui contornar o problema, configurando o controle como o gamepad 1, mas no caso fico sem usar o teclado. No caso meu PCSX2 só não reconhece o gamepad 2.