Pastas de alternativa do usuario (.fonts|.icons|.themes), existe para Binários?

Ao ser solicitado a executar um comando, o terminal vai em busca de algum arquivo executável com o nome solicitado nas pastas situadas na raiz(/bin, /usr/bin, …). Mas, existe algum caminho de alternativa de executáveis para o terminal ler da pasta de usuário, ao invéz de ser as pastas das raiz?

Por padrão não mas pode ser adicionado

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No arquivo .bashrc (ou .zshrc, .etc se você tiver mudado o programa que roda no terminal), coloque uma nova linha:

export PATH="$PATH:/sua/pasta/bin"

Isso vai valer para todos os terminais do seu usuário que você abrir depois de salvar o arquivo.

Para tornar isso no sistema todo, coloque essa mesma linha num arquivo .sh na pasta /etc/profile.d, por exemplo:

echo 'export PATH="$PATH:/home/andryel/.local/bin"' | sudo tee /etc/profile.d/binpessoal.sh
sudo chmod +x /etc/profile.d/binpessoal.sh
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Faz exatamente o que ele quer e é mais portável

Isso valeria para um atalho colocado ~/.local/share/apps no camando Exec para ler a partir da pasta adicionada, e não de /usr/bin?

Pra isso, tem que usar o método pro sistema todo, se eu não me engano.