No Gnome 3.38 bastava fazer o reset do grid desta forma gsettings reset org.gnome.shell app-picker-layout e reiniciar a sessão que o grid era recriado em ordem alfabética.
No 40 isso não está mais funcionando e o grid ta virando uma bagunça onde em uma procura visual você não consegue encontrar oque quer com facilidade. Como ordenar de forma alfabética o grid no Gnome 40 ?
Considere usar o GNOME como foi planejado, Digita o nome e dá Enter
Para remover todas as pastas (abra o terminal, e digite abaixo):
gsettings reset org.gnome.desktop.app-folders folder-children
Para organizar em ordem alfabética (abra o terminal, e digite abaixo):
gsettings reset org.gnome.shell app-picker-layout